블랙홀에서 온 외계인들의 메카고지라를 앞세운 지구침략 작전은 실패로 돌아갔다. 하지만 블랙홀 외계인들의 후발대는 고지라에게 파괴된 메카고지라의 잔해를 회수하고 다시 부활시키는데 성공한다. 여기에 세상에 대한 원한으로 가득한 지구인 과학자가 사육하던 괴수 티타노 사우르스까지 가담해 다시 지구침략을 시작한다. 이들에 맞서는 고지라는 다시 한번 지구를 지킬 수 있을까?