2199년, 수수께끼 행성 가미라스의 압도적인 공격에 지구는 방사능에 오염되고 인류는 지하로 대피한다. 지구의 미래를 위해서 이스칸다르에 있는 방사능 제거창치를 구하기 위해 야마토가 출격한다!