에도 시대 초기, 백년에 걸친 전국시대를 평정한 도쿠가와, 하지만 아직도 천하 통일의 꿈을 꾸는 다이묘들에 의해 마침 평화의 시대에 존재의 이유를 찾지 못하던 닌자들의 암약이 이루어지는데. 이러한 움직임을 알게 된 장군 명에 의해 검신으로 일컬어지는 야규 쥬베에는 음모를 파해치기 위해 여행을 떠난다.