서기 2199년, 인류를 구원하기 위해 야마토가 떠난지 7개월이 지났다. 야마토는 이스칸달에 도착해, 지구 재상을 위한 코스모 리버스 시스템을 손에 넣고 가미라스와의 평화조약도 채결하는데...